報關工作的全部程序分為申報、查驗、放行三個階段。
　　（一）進出口貨物的申報
　　進出口貨物的收、發貨人或者他們的代理人，在貨物進出口時，應在海關規定的期限內，按海關規定的格式填寫進出口貨物報關單，隨附有關的貨運、商業單據，同時提供批準貨物進出口的證件，向海關申報。報關的主要單證有以下幾種：
　　進口貨物報關單
　　一般填寫一式二份，報關單填報項目要準確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆；報關單內各欄目，凡海關規定有統計代號的，以及稅則號列及稅率一項，由報關員用紅筆填寫；每份報關單限填報四項貨物；如發現情況有無或其他情況需變更填報內容的，應主動、及時向海關遞交更改單。
　　出口貨物報關單
　　一般填寫一式兩份，填單要求與進口貨物報關單基本相同。如因填報有誤或需變更填報內容而未主動、及時更改的，出口報關后發生退關情況，報關單位應在三天內向海關辦理更正手續。
　　隨報關單交驗的貨運、商業單據
　　任何進出口貨物通過海關，都必須在向海關遞交以填好的報關單的同時，交驗有關的貨運和商業單據，接受海關審核諸種單證是否一致，并由海關審核后加蓋印章，作為提取或發運貨物的憑證。隨報關單同時交驗的貨運和商業單據有：海運進口提貨單；海運出口裝貨單（需報關單位蓋章）；陸、空運運單；貨物的發票（其份數比報關單少一份，需報關單位蓋章等）；貨物的裝箱單（其份數與發票相等，需報關單位蓋章）等。需要說明的是如海關認為必要，報關單位還應交驗貿易合同、定貨卡片、產地證明等。另外，按規定享受減、免稅或免驗的貨物，應在向海關申請并已辦妥手續后，隨報關單交驗有關證明文件。
　　進（出）口貨物許可證
　　進出口貨物許可證制度，是對進出口貿易進行管理的一種行政保護手段。我國與世界上大多數國家一樣，也采用這一制度對進出口貨物、物品實行全面管理。必須向海關交驗進出口貨物許可證的商品并不固定，而是由國家主管部門隨時調整公布。凡按國家規定應申領進出口貨物許可證的商品，報關時都必須交驗由對外貿易管理部門簽發的進出口貨物許可證，并經海關查驗合格無誤后始能放行。但對外經濟貿易合作部所屬的進出口公司、經國務院批準經營進出口業務的個部位所屬的工貿公司、個省（直轄市、自治區）所屬的進出口公司，在批準的經營范圍內進出口商品，視為以取得許可，免領進出口貨物許可證，只憑報關單即可向海關申報；只有在經營進出口經營范圍以外的商品時才需要交驗許可證。
　　商檢證書
　　海關指示報關單位出具商檢證書，一方面是監督法定檢驗商品是否已經接受法定的商檢機構檢驗；另一方面是取得進出口商品征稅、免稅、減稅的依據。根據《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構實施檢驗的進出口商品種類表》規定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應在報關前向商品檢驗機構報驗。報關時，對進口商品，海關憑商檢機構簽發的檢驗證書或在進口貨物報關單上加蓋的印章驗收。
　　除上述單證外，對國家規定的其他進出口管制貨物，報關單位也必須向海關提交由國家主管部門簽發的特定的進出口貨物批準單證，由海關查驗合格無誤后再予以放行。諸如食品衛生檢驗，藥品檢驗，動植物檢疫，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進出口音像制品的管理等均屬此列。
　　（二）進出口貨物的查驗
　　進出口貨物，除海關總署特準查驗的以外，都應接受海關查驗。查驗的目的是核對報關單證所報內容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。
　　海關查驗貨物，應在海關規定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經海關同意，海關可以派人員在規定的時間和場所以外查詢。申請人應提供往返交通工具和住宿并支付費用。
　　海關查驗貨物時，要求貨物的收、發貨人或其代理人必須到場，并按海關的要求負責辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣、貨物保管人應當到場作為見證人。
　　查驗貨物時，由于海關關員責任造成被查貨物損壞的，海關應按規定賠償當事人的直接經濟損失。賠償辦法：由海關關員如實填寫《中華人民共和國海關查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關員和當事人雙方簽字，各流一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費用（必要時，可憑公證機構出具的鑒定證明確定），以海關審定的完稅價格為基數，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關填發《中華人民共和國海關損壞貨物、物品賠償通知單》，當事人自收到《通知單》之日起，三個月內憑單向海關領取賠款或將銀行帳號通知海關劃撥，逾期海關不再賠償。賠款一律用人民幣支付。
　　（三）進出口貨物的放行
　　海關對進出口貨物的報關，經過審核報關單據、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續或減免稅手續后，在有關單據上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關對進出口貨物的監管才算結束。
　　另外，進出口貨物因各種原因需海關特殊處理的，可向海關申請擔保放行。海關對擔保的范圍和方式均有明確的規定。
　　再詳細點說如下：
　　進口報關的基本程序：接受申報→審核單證→查驗貨物→辦理征稅→結關放行。
　　1.用換來的提貨單（1、3）聯并附上報關單據前去報關。報關單據：提貨單（1、3）聯海關放行后，在白聯上加蓋放行章，發還給進口方作為提貨的憑證。正本箱單、正本發票、合同、進口報關單一式兩份、正本報關委托協議書、海關監管條件所涉及的各類證件。
　　注意事項:
　　（1）接到客戶全套單據后，應確認貨物的商品編碼，然后查閱海關稅則，確認進口稅率、確認貨物需要什么監管條件，如需做各種檢驗，則應在報關前向有關機構報驗。報驗所需單據：報驗申請單、正本箱單發票、合同、進口報關單兩份。
　　（2）換單時應催促船舶代理部門及時給海關傳艙單，如有問題應與海關艙單室取得聯系，確認艙單是否轉到海關。
　　（3）當海關要求開箱查驗貨物時，應提前與場站取得聯系，調配機力將所查箱子調至海關指定的場站。（事先應與場站確認好調箱費、掏箱費。）
　　2.若是法檢商品應辦理驗貨手續。
　　如需商檢，則要在報關前，拿進口商檢申請單（帶公章）和兩份報關單辦理登記手續，并在報關單上蓋商檢登記在案章以便通關。驗貨手續在最終目的地辦理。如需動植檢，也要在報關前拿箱單發票合同報關單去代報驗機構申請報驗，在報關單上蓋放行以便通關，驗貨手續可在通關后堆場進行。

報檢業務流程大致可分為：報檢申請（報檢人提供外貿合同、發票、提單、裝箱單、信用證等單證；實施安全質量許可、衛生檢疫注冊的應提交有關證明文件復印件，并在報檢單上注名文件號）；報檢（將申請的相關信息錄入CIQ2000系統，并將相關單證遞交檢驗檢疫局檢務部門受理）；施檢部門施檢（施檢部門接受單據、確認、檢驗、結果登記、擬制證稿、審核簽字）；簽發證書（檢務部門對施檢部門擬稿審核，并簽發證書）。
入境貨物的檢驗檢疫工作程序可以分為：申請報檢、受理報檢、辦理通關、實施檢驗檢疫、放行
　　1）法定檢驗檢疫入境貨物的貨主或其代理人首先向卸貨口岸或到達站的出入境檢驗檢疫機構申請報檢。
　　2）檢驗檢疫機構受理報檢，轉施檢部門簽署意見，計收費。
　　3）對來自疫區的、可能傳播傳染病、動植物疫情的入境貨物交通工具或運輸包裝實施必要的檢疫、消毒、衛生除害處理后，簽發《入境貨物通關單》（入境廢物、活動物等除外）供報檢人辦理海關的通關手續；
　　4）貨物通關后，入境貨物的貨主或其代理人需在檢驗檢疫機構規定的時間和地點到指定的檢驗檢疫機構聯系對貨物實施檢驗檢疫。
　　5）經檢驗檢疫合格的入境貨物簽發《入境貨物檢驗檢疫證明》放行，經檢驗檢疫不合格的貨物簽發檢驗檢疫處理通知書，需要索賠的簽發檢驗檢疫證書。
　　出口報檢流程：接單、審單、預錄、申報、驗貨、放行、下帳
　　1）接單
　　報檢操作人員接到客戶或內部轉來的單據后，在專門的登記薄上登記，有特殊要求的應注明，并詢問出口的大致日期，出口運輸方式是否需要出具檢疫部門的證書等。
　　2）審單
　　首先要核對出口報檢單據是否齊全。單據有：發票、裝箱單、合同、報檢委托書(青島企業必須提供正本報檢委托書)；有特殊要求的其他單據：使用信用證結匯的須提供信用證復印件、貨物外包裝（紙箱、塑編袋、網袋、桶包裝的涉及食品安全衛生標示的），必須提供《出境貨物運輸包裝性能檢驗結果單》正本；出口換證商品必須提供《出境貨物換證憑單》正本；出口安全質量許可、食品衛生監督等管理范圍之內的商品，必須提供生產廠家的兩證管理編號以及廠檢合格單等；出口熏蒸貨物必須提供場站入貨通知書，并且確認貨物存放于場站熏蒸區。
　　3）預錄
　　（1）出口單據審核完畢后，使用九城單證系統對單據進行預錄入。預錄入過程中，可以根據系統提示制單，并且可以根據系統對商品編碼的要求最終確認所需單據是否齊全。（九城單證系統在線更新，所以很多編碼要求及時更新）
　　（2）在制單過程中出現計量單位與海關的計量單位沖突時，第一計量單位按商檢規定的計量單位輸入，第二計量單位按海關的規定輸入。
　　（3）在制單預錄入的過程中如果出現問題應及時與客戶或操作人員聯系。
　　（4）一般在預錄入后待系統自動生成預錄入報檢編號后，打印報檢出境貨物報檢單，交給報檢員。
　　4）申報
　　（1）報檢員在接到全套申報單據發票、裝箱單、合同、報檢委托書(青島企業必須提供正本報檢委托書)、有特殊要求的其他單據后，在報驗申請單上填寫隨附單據并注明，報檢員簽名。
　　（2）到報檢前臺申報，隨時解答商檢官員對商品的提問，報檢員必須對所申報商品及客戶情況有所了解。
　　（3）申報完成，報檢員根據申報貨物的不同，將申報單據轉往各個科室，并且根據各個科室的不同要求對單據進行登記。
　　5）驗貨
　　（1）申報完畢的單據，報檢員要及時聯系客戶驗貨，到檢疫局科室預約驗貨時間并告知客戶。
　　（2）驗貨完畢后將單據轉回各科室。
　　6）放行
　　（1）出口驗貨后到科室將驗貨單據找出，根據科室要求不同填寫驗貨單據交科室主管人員簽字，并在電腦中過機放行。
　　（2）到計費處計費，然后到商檢財務繳納檢疫費。
　　（3）打印《出口貨物通關單》，如果需要出具檢疫部門證書的，還需在單據中注明，以便日后出具檢疫證書。
　　（4）放行后將通關單交給報檢操作人員或報關人員簽收。
　　7）下帳
　　（1）報檢員將出口通關單及商檢發票交給操作人員，操作人員將其復印登記留底，并注明公司編號。
　　（2）將正本通關單交給報關員報關使用。